На активність окремих компонентів цього бар'єра впливають ендогенние субстанції (простагландини, гормони і нейротрансмиттери). Важливе значення для регенерації епітелію мають епидермальний чинник зростання з слинних і бруннерових залоз в проксимальной частині двенадцатиперстной кишки, а також гастрин з антральной частини шлунка. При гострих стрессорних виразках, що розвиваються при найважчих стресових ситуаціях, таких, як кардиоваскулярний шок, респіраторна недостатність, уремія, сепсис і опіки, такі медикаменти, як тром-боксан і чинник активування бляшек, сприяють звуженню судин, агрегації тромбоцитов, локальній ішемії, цитопенії і уплощенному дефекту слизової оболонки через ослаблення її бар'єра. Локальний і системний ацидоз сприяє виникненню виразки.

Для пояснення виникнення хронічної виразки шлунка немає досить чіткої патофизиологической моделі. Відмічаються наростання частоти таких патологічних виявів, як локалізація виразки в області між антральним відділом і тілом, знижена секреція соляної кислоти, підвищена активність пепсіну-3, зниження якісних дані слизової плівки, уповільнене випорожнення шлунка, часто в поєднанні з підвищеним дуоденально-шлунковим рефлюксом і хронічним гастритом. І все ж цих патофизиологических даних недостатньо, щоб переконливо пояснити генез виразки.