Паралельно виникає відбудовний процес формування нової функціональної системи, що забезпечує нормалізацію їх взаємодії.

На першому етапі компенсації розвивається реакція генерализації, яка супроводиться залученням в реакцію багатьох систем і власних резервів структури, що пошкоджується.

На другому етапі, при успішності компенсації, процес або локалізується всередині зацікавленої структури, або в межах нової міжсистемної організації.

У ряді випадків, коли є дублююча система, компенсація наступає вмить. Наприклад, людина, позбавлена однієї руки, потрібні рухи виконує іншою рукою. Однак якщо ці рухи

вироблялися у нього як спеціальні і виконувалися однією рукою, наприклад, лист, то в цих випадках раніше неписавшую руку треба навчати писати. Ця необхідність зумовлена тим, що непишущая рука не має тих функціональних зв'язків, які встановилися внаслідок навчання в мозку для реалізації рухів при листі пишучої руки.

Для розвитку компенсації шляхом встановлення нових зв'язків потрібно повторне, іноді багаторазове застосування поєднання успішного виконання функції з спонукальним сигналом. Багаторазове повторення поєднання формує динамічний стереотип забезпечення виконання функції, що компенсується, зміцнення динамічного стереотипа прискорює і полегшує виконання потрібної реакції.