- I група - лінійна пептидиа-спіральної структури, не вмісна цистеина. До них відносять цекропини вищих комах, оболочечников і свинь, магаинин і темпорини жаб.

- II група - пептиди, вмісні декілька цистеинов, між якими встановлені 1-4 дисульфидние зв'язки. До них відносять пептид з шкіряного секрету жаби, тахиплезини краба, протегрини свині, а також дефензини, вмісні 3 дисульфидние связи.a-Дефензини синтезують і містять в гранулах нейтрофили.b-Дефензіни синтезують клітки покровних тканин - епітелій дихальних шляхів і ЖКТ.

- III група - пептиди, в складі яких міститься незвичайно багато який-небудь однієї або двох АК, частіше за все пролина або аргинина або триптофана і глицина. Прикладом пептидов цієї групи є апидецини медоносної бджоли. Сюди ж відносять 39-членний пептид (PR-39) нейтрофилов свині і його більш великі аналоги з нейтрофилов корови.

Генетичні дефекти пептидов-антибіотиків або необхідних для їх функціонування кофакторов (наприклад, іонних каналів, оскільки активність пептидов-антибіотиків «високочутливий» до іонної сили), можливо, коррелируют з розвитком прогредиентно-поточної хронічної патології з інфекційними чинниками в етіології.