CRISPR
Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопе дії.
Короткі паліндромні
повтори, регулярно
розташовані групами
(англ. CRISPR — Clustered
Regularly Interspaced Short
Palindromic Repeats) — це
прямі повтори та
унікальні послідовності в
ДНК бактерій і архей, що
розділяють їх, які спільно
з асоційованими генами
(Cas, англ. CRISPRassociated
genes)
забезпечують захист
клітини від чужорідних
генетичних елементів
(бактеріофагів, плазмід).
CRISPR-касети виявлені в
геномах багатьох бактерій
і більшості архей[1]
.
Повтори мають довжину
від 24 до 48 пар
нуклеотидів; вони мають
бівалентну симетрію, але,
як правило, не є
істинними паліндромами. Повтори розділені варіабельними ділянками ДНК, спейсерами, приблизно
однакової довжини. Спейсери відповідають по нуклеотидній послідовності певним фрагментам ДНК
чужорідних генетичних елементів (протоспейсерам). У зв'язку з цим було запропоновано і потім
показано, що послідовності, що розділяють повтори, походять з послідовностей геномів бактеріофагів, і,
відповідно, забезпечують захист клітин від інфекцій.
В результаті досліджень механізму дії CRISPR-системи було зроблено припущення, що вона є
прокаріотичним аналогом системи РНК-інтерференції еукаріот і забезпечує бактеріям і археям захист
від бактеріофагів[2]
.
Зміст
1 Роль в генетичній регуляції ендогенних бактеріальних генів
2 Методи генної інженерії, що базуються на системі CRISPR/Cas9
3 Методи дослідження, що базуються на системі CRISPR/Cas9
4 Суспільство і етичні питання
5 Див. також
6 Примітки
7 Джерела
8 Посилання
Роль в генетичній регуляції ендогенних бактеріальних генів
Діаграма, що ілюструє можливий механізм CRISPR.
Патогенні та синантропні бактерії містять велику кількість білка Cas9 (англ. CRISPR-associated 9). Було
показано, що система CRISPR/Cas може брати активну участь у регуляції ендогенних бактеріальних
генів, зокрема, при взаємодії бактерій з еукаріотичним організмом, в якому вони паразитують.
Наприклад, білок Cas9 з Francisella novicida використовує унікальну, CRISPR/Cas-асоційовану малу
РНК (scaRNA) для пригнічення ендогенного транскрипту мРНК, що кодує бактеріальний ліпопротеїн,
що дозволяє їй послабити імунну відповідь хазяїна й підвищити її вірулентність[3]
.
Методи генної інженерії, що базуються на системі CRISPR/Cas9
Розроблено методи високовибіркового активування[4] й інгібування генів[5], що базуються на системі
CRISPR/Cas9 (CRISPR-системі II типу)[6][7][8][9][10][11][12][13]. Основними компонентами CRISPR-
системи II типу є CRISPR-касета, на основі якої синтезуються напрямні crРНК (англ. CRISPR RNA),
нуклеаза Cas9 (Csn1) і tracrРНК (англ. trans-activating crRNA), необхідна для процесингу напрямної
РНК[1][14][15]. Для спрямованого редагування генома еукаріотів використовують Cas9 Streptococcus
pyogenes, Streptococcus thermophilus, Neisseria meningitidis[16][17], а також Cas9 з Staphylococcus aureus
(SaCas9), яка на 25 % менша за розмірами, що дозволяє упаковувати її в аденоасоційований вірус (AAV)
для доставки вектора в клітини живого організму, як терапевтичний засіб[18][19][20]. Походження
ферменту накладає деякі обмеження на вибір ДНК-мішеней: наприклад при використанні Cas9 S.
pyogenes, як мішені можна вибирати тільки послідовності, за якими йде 5'-NGG (де N — будь-який
нуклеотид). Перед використанням у генетичних конструкціях ген Cas9 потрібно попередньо
оптимізувати за використовуваними кодонама відповідно до організму, геном якого передбачається
модифікувати[14]
.
З метою спрощення маніпуляцій з клонуванням лентивірусних або ретровірусних векторів доставки,
crРНК і tracrРНК об'єднують в одну суцільну sgРНК (англ. single guide RNA, sgRNA) — так званий «allin-one
CRISPR-Cas9 cloning vector»[21]. Це дозволяє полегшити конструювання та клонування серії
векторів доставки, що відрізняються тільки по пришитій до tracrRNA ланцюжку «гідРНК» (англ. guide
RNA), яка впізнає комплементарну їй, послідовність ДНК, вибрану в геномі за замовленням
дослідника
[22]
.
Розроблена також технологія самоклонувальних CRISPR/Cas9, що дозволяє взагалі обійтися без
клонування, а використовувати коротку дволанцюгову ДНК з послідовністю, що кодує бажаний локус і
плазміду, несе саморозщеплювальну паліндромну sgРНК. Це дозволяє скоротити час на підготовки
експерименту всього до 2-х годин, а його вартість здешевити в шість разів[23]
.
Модифікація ДНК-зв'язуючого домену Cas9 і його злиття з різними регуляторними доменами дозволяє
отримати вибірково напрямні на потрібні ділянки геному за допомогою РНК-гідів штучні фактори
транскрипції (crisprTF) і ефектори[24], штучні ендонуклеази рестрикції[25][26], репрессори, а також
ферменти, що модифікують епігеном, такі як ДНК-метилази, деметилази і гістонацетилтрансферази, що
дозволяє вибірково регулювати активність певних генів[27]. Крім того знайдені аналоги Cas9, які здатні
розщеплювати замість ДНК молекули РНК, що дозволяє редагувати або вибірково пригнічувати
активність мікроРНК[28][29]. Так, наприклад, Cas9 з грамнегативної бактерії Francisella novicida
(FnCas9) може бути перепрограмований так щоб спрямувати його на РНК геном вірусу гепатиту C, що
призводить до інгібування синтезу вірусного білка в клітині[30]. На основі цієї системи можна створити
сотні засобів для захисту проти різних вірусів.
Метод сайт-селективного редагування геному за допомогою ферменту, що впізнає необхідну
послідовність ланцюга ДНК «за наведенням» комплементарного їй РНК «гіду», обіцяє революційні
зміни в дослідженнях та лікуванні цілого ряду захворювань, від раку
[31] і невиліковних вірусних хвороб
до спадкових генетичних патологій на кшталт серповидноклітинної анемії і синдрому Дауна[32]. Він
дозволив здешевити, спростити і прискорити розробку генномодифікованих мікроорганізмів[33]
,
рослин[34][35] і домашньої худоби, а також допоможе в розробленні генної терапії спадкових
захворювань у людських ембріонів[36][37]. Так, наприклад, технологія, розроблена Editas, дозволяє взяти
клітину з тіла живого організму, замінити певні ділянки ДНК, а потім повернути клітину на колишнє
місце. Передбачається, що таким чином можна запустити процес лікування деяких типів
захворювань[38]
.
Методи дослідження, що базуються на системі CRISPR/Cas9
Прикріпивши до білка Cas9 дефектному по екзонуклеазній активності зелений флуоресцентний білок
EGFP можна отримати інструмент для візуалізації геномних послідовностей в живих клітинах ссавців і
візуального визначення довжини теломер хромосоми, а також відстежувати динаміку генних локусів
протягом клітинного циклу[39]
.
Суспільство і етичні питання
Питання про можливість редагування людських генеративних (статевих) клітин, з яких формується
новий організм, підіймалося багатьма вченими через порівняну простоту використання CRISPR/Cas9
системи. Проте в квітні 2015 року опублікована перша робота у журналі Protein & Cell в якій китайські
вчені використали CRISPR/Cas9 систему для редагування генів нежиттєздатних яйцеклітин людини для
лікування таласемії[40]. Ооцити були заплідненні двома сперматозоїдами і мали відповідно три
пронуклеуси — двоє батьківських та один материнській. Такі ооцити проходять перші стадії
ембріонального розвитку, проте потім ембріон далі розвиватися не може і відбувається викидень
(спонтанний аборт). Те, що робота над редагуванням геному була проведена над нежиттєздатними
ооцитами все одно загострила питання етики і по словам автора статті Джін'ю Хуанга цю роботу
відмовилися приймати у найвагоміших наукових рецензованих журналах Nature та Science[40]. В даній
роботі науковці використовували CRISPR/Cas9 систему для редагування гену HBB, що кодує β-глобін.
Мутації в цьому гені призводять до спаткового аутосомного захворювання бета-таласемії[40]
.
В результаті публікації цієї роботи, Національний інститут охорони здоров'я США оновив заборону на
редагування ембріонів людини, в тому числі і нежиттєздатних[41]
.
У вересні 2015 року декілька наукових установ Великої Британії, такі як Wellcome Trust та Рада
медичних досліджень Великої Британії, опублікували заяву, в якій йдеться про те, що використання
CRISPR/Cas9 системи в дослідженнях ембріонів людини є виправданим і потрібним. Незабаром до них
приєдналися декілька інших груп[42]. В результаті Лондонське королівське товариство, Китайська
академія наук, Національна академія наук США та Національна академія медицини США домовилися
провести саміт у грудні 2015 року для вирішення питань редагування генів генеративних клітин
(яйцеклітин, сперматозоїдів та зиготи).[42]
3 грудня 2015 року міжнародних саміт з питань редагування генів людини дозволив використання
методів генної інженерії лише на тих генеративних клітинах чи ранніх ембріонах людини, які не будуть
використані для набуття вагітності. Також на саміті дозволено розвивати методи генної інженерії для
лікування генів в соматичних, тобто не спадкових, клітинах (напр. модифікації імунних клітин для
боротьби з пухлинами). Проте впродовж 2016 року ця тема повинна бути детальніше обговорена і
повинні пройти ще декілька конференцій та дискусій перед остаточним рішенням міжнародної наукової
спільноти. Організатори саміту підкреслюють, що вони не називають це «забороною» редагування
генеративних клітин людини в дослідницьких цілях, бо це питання ще не остаточно вирішено.[43]
Див. також
Білковий домен
Фактори транскрипції
Генна інженерія
Ендонуклеази рестрикції
Примітки
1. PMID 21552286 (PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21552286))
Citation will be completed automatically in a few minutes. Jump the queue or expand by hand
2. Kira S. Makarova, Yuri I. Wolf and Eugene V. Koonin (2013) Comparative genomics of defense systems in archaea and
bacteria. Nucl. Acids Res. 41(8): 4360-4377. doi: 10.1093/nar/gkt157
3. Sampson TR, Saroj SD, Llewellyn AC, Tzeng YL, Weiss DS.(2013). A CRISPR/Cas system mediates bacterial innate
immune evasion and virulence (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23584588?dopt=Abstract). Nature; 497(7448),
254—257. DOI:10.1038/nature12048 (https://dx.doi.org/10.1038%2Fnature12048).
4. Pablo Perez-Pinera et al.(2013) RNA-Guided Human Gene Activation by CRISPR/Cas9-Based Engineered
Transcription Factors. Nature Methods 10, 973—976 doi:10.1038/nmeth.2600
5. Lei S. Qi, Matthew H. Larson, Luke A. Gilbert, Jennifer A. Doudna, Jonathan S. Weissman, Adam P. Arkin, Wendell A.
Lim.(2013) Repurposing CRISPR as an RNA-Guided Platform for Sequence-Specific Control of Gene Expression. Cell,
152 (5): 1173—1183 DOI:10.1016/j.cell.2013.02.022
6. Cho, S.W., Kim, S., Kim, J.M., and Kim, J.-S (2013) Targeted genome engineering in human cells with the Cas9 RNAguided
endonuclease. Nat. Biotechnol. doi:10.1038/nbt.2507
7. Cong, L., Ran, F.A., Cox, D., et al. (2013) Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems. Science 339, 819
—823
8. Hwang, W.Y., Fu, Y., Reyon, D., et al. and Joung, J.K. (2013) Efficient genome editing in zebrafish using a CRISPRCas
system. Nat. Biotechnol. ,doi:10.1038/nbt.2501
9. Jiang, W., Bikard, D., Cox, D., Zhang, F., and Marraffini, L.A. (2013) RNA-guided editing of bacterial genomes using
CRISPR-Cas systems. Nat. Biotechnol. ,doi:10.1038/nbt.2508
10. Jinek, M., East, A., Cheng, A., Lin, S., Ma, E., and Doudna, J. (2013) RNA-programmed genome editing in human
cells. eLife 2, e00471. http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00471.001
11. Mali, P., Yang, L., Esvelt, K.M., et al. and Church, G.M. (2013) RNA-guided human genome engineering via Cas9.
Science. 339, 823—826.
12. Wang, H; Yang H, Shivalila CS, Dawlaty MM, Cheng AW, Zhang F, Jaenisch R. (2013) One-Step Generation of Mice
Carrying Mutations in Multiple Genes by CRISPR/Cas-Mediated Genome Engineering. Cell 153 (4): 910-8.
doi:10.1016/j.cell.2013.04.025.
13. Houa, Z; Zhangb, Y; Propsona, N; Howdena, S; Chua, L; Sontheimerb, E; and Thomson, J. (2013) Efficient genome
engineering in human pluripotent stem cells using Cas9 from Neisseria meningitidis. PNAS.
doi:10.1073/pnas.1313587110
14. PMID 24157548 (PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24157548))
Citation will be completed automatically in a few minutes. Jump the queue or expand by hand
15. Karvelis, T., Gasiunas, G., Miksys, A., Barrangou, R., Horvath, P., & Siksnys, V. (2013). crRNA and tracrRNA guide
Cas9-mediated DNA interference in Streptococcus thermophilus. RNA biology, 10(5), 20-19
16. Hou, Z., Zhang, Y., Propson, N. E.,et al. & Thomson, J. A. (2013). Eficient genome engineering in human pluripotent
stem cells using Cas9 from Neisseria meningitidis. PNAS, 110(39), 15644-15649 doi: 10.1073/pnas.1313587110
17. Ines Fonfara, Anaïs Le Rhun, Krzysztof Chylinski, Kira Makarova, Anne-Laure Lécrivain, Janek Bzdrenga, Eugene V.
Koonin, Emmanuelle Charpentier (2013) Phylogeny of Cas9 determines functional exchangeability of dual-RNA and
Cas9 among orthologous type II CRISPR-Cas systems. Nucleic Acids Research
18. CRISPR Clears Major Obstacle Impeding Its Therapeutic Use (http://www.genengnews.com/gen-news-highlights/crispr
-clears-major-obstacle-impeding-its-therapeutic-use/81251106/). GEN News Highlights
19. F. Ann Ran, Le Cong, Winston X. Yan, et al., & Feng Zhang (2015). In vivo genome editing using Staphylococcus
aureus Cas9 (http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature14299.html). Nature.
DOI:10.1038/nature14299 (https://dx.doi.org/10.1038%2Fnature14299)
20. A smaller Cas9 protein enables in vivo genome engineering via viral vectors (http://www.the-scientist.com/?articles.vie
w/articleNo/42580/title/Enzyme-Improves-CRISPR/)
21. Malina, A., Mills, J. R., Cencic, R., et al. & Pelletier, J. (2013). Repurposing CRISPR/Cas9 for in situ functional assays.
Genes & development, 27(23), 2602—2614. Genes & Dev. . 27:2602-2614 doi:10.1101/gad.227132.113
22. Heintze, J., Luft, C., & Ketteler, R. (2014).A CRISPR CASe for high-throughput silencing (http://www.ncbi.nlm.nih.go
v/pmc/articles/PMC3791873/). Frontiers in genetics, 4. 193 doi: 10.3389/fgene.2013.00193
23. Arbab, M., Srinivasan, S., Hashimoto, T., Geijsen, N., & Sherwood, R. I. (2015). Cloning-free CRISPR (http://www.cel
l.com/stem-cell-reports/abstract/S2213-671(15)00284-2). Stem cell reports, 5(5), 908—917 DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.stemcr.2015.09.022
24. Kearns, N. A., Genga, R. M., Enuameh, M. S.,et al. & Maehr, R. (2014). Cas9 effector-mediated regulation of
transcription and differentiation in human pluripotent stem cells. Development, 141(1), 219—223.
25. John P Guilinger, David B Thompson & David R Liu (2014). Fusion of catalytically inactive Cas9 to FokI nuclease
improves the specificity of genome modification. Nature Biotechnology, DOI:10.1038/nbt.2909 (https://dx.doi.org/10.10
38%2Fnbt.2909)
26. Shengdar Q Tsai, Nicolas Wyvekens, Cyd Khayter, et al., & J Keith Joung (2014). Dimeric CRISPR RNA-guided FokI
nucleases for highly specific genome editing. Nature Biotechnology, DOI:10.1038/nbt.2908 (https://dx.doi.org/10.103
8%2Fnbt.2908)
27. Isaac B Hilton, Anthony M D'Ippolito, Christopher M Vockley, Pratiksha I. Thakore, Gregory E Crawford, Timothy E
Reddy, Charles A Gersbach.(2015). Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from
promoters and enhancers (http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3199.html). Nature Biotechnology,
DOI:10.1038/nbt.3199 (https://dx.doi.org/10.1038%2Fnbt.3199)
28. Mitchell R. O'Connell, Benjamin L. Oakes, Samuel H. Sternberg, Alexandra East-Seletsky, Matias Kaplan, Jennifer A.
Doudna. Programmable RNA recognition and cleavage by CRISPR/Cas9. Nature, 2014; DOI:10.1038/nature13769 (http
s://dx.doi.org/10.1038%2Fnature13769)
29. Hale, C. R., Zhao, P., Olson, S.,et al. & Terns, M. P. (2009). RNA-guided RNA cleavage by a CRISPR RNA-Cas protein
complex. Cell, 139(5), 945—956, doi: 10.1016/j.cell.2009.07.040
30. Aryn A. Price, Timothy R. Sampson, Hannah K. Ratner, Arash Grakoui, and David S. Weiss. Cas9-mediated targeting
of viral RNA in eukaryotic cells. PNAS. DOI:10.1073/pnas.1422340112 (https://dx.doi.org/10.1073%2Fpnas.14223401
12)
31. Sidi Chen et al., & Feng Zhang, Phillip A. Sharp (2015). Genome-wide CRISPR Screen in a Mouse Model of Tumor
Growth and Metastasis (http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(15)00204-4?_returnURL=http%3A%2F%2Flinki
nghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867415002044%3Fshowall%3Dtrue). Cell, DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.02.038
32. Yin, H., Xue, W., Chen, S., Bogorad, R. L., Benedetti, E., Grompe, M., … & Anderson, D. G. (2014). Genome editing
with Cas9 in adult mice corrects a disease mutation and phenotype. Nature Biotechnology. DOI:10.1038/nbt.2884 (http
s://dx.doi.org/10.1038%2Fnbt.2884)
33. Jiang, W., Bikard, D., Cox, D., Zhang, F. & Marraffini, L.A.(2013) RNA-guided editing of bacterial genomes using
CRISPR-Cas systems. Nat. Biotechnol. 31, 233—239
34. Wenzhi Jiang, Huanbin Zhou, Honghao Bi, Michael Fromm, Bing Yang, and Donald P. Weeks (2013)Demonstration of
CRISPR/Cas9/sgRNA-mediated targeted gene modification in Arabidopsis, tobacco, sorghum and rice. Nucl. Acids
Res. (2013) 41 (20): e188 doi:10.1093/nar/gkt780
35. Khaoula Belhaj, Angela Chaparro-Garcia, Sophien Kamoun and Vladimir Nekrasov (2013) Plant genome editing made
easy: targeted mutagenesis in model and crop plants using the CRISPR/Cas system (http://www.plantmethods.com/conte
nt/9/1/39?utm_campaign=25_11_13_plantmethods_Article_Mailing_BMCUp_genetics&utm_content=7390020636&ut
m_medium=BMCemail&utm_source=Emailvision) Plant Methods , 9:39 doi:10.1186/1746-4811-9-39
36. Giedrius Gasiunas, Virginijus Siksnys (2013) RNA-dependent DNA endonuclease Cas9 of the CRISPR system: Holy
Grail of genome editing? (http://www.cell.com/trends/microbiology//retrieve/pii/S0966842X13001789?_returnURL=htt
p://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0966842X13001789?showall=true#Summary) Trends in Microbiology, 21(11),
562—567, doi: 10.1016/j.tim.2013.09.001
37. Uri Ben-David (2013) Flowing through the CRISPR-CAScade: Will genome editing boost cell therapies? (http://www.m
olcelltherapies.com/content/1/1/3) Molecular and Cellular Therapies 2013, 1:3 doi:10.1186/2052-8426-1-3
38. Билл Гейтс вложил $120 млн в редактирование ДНК (http://m.geektimes.ru/company/medgadgets/blog/260090/)
39. Baohui Chen, Luke A. Gilbert, Beth A. Cimini, et al. & Lei S. Qi, Bo Huang (December 2013) Dynamic Imaging of
Genomic Loci in Living Human Cells by an Optimized CRISPR/Cas System. 155(7), 1479—1491 doi:
10.1016/j.cell.2013.12.001
40. Cyranoski, David; Reardon, Sara (2015). Chinese scientists genetically modify human embryos. Nature. ISSN 1476-
4687 (https://www.worldcat.org/issn/1476-4687). doi:10.1038/nature.2015.17378 (http://dx.doi.org/10.1038%2Fnature.
2015.17378).
41. Reardon, Sara (2015). NIH reiterates ban on editing human embryo DNA. Nature. ISSN 1476-4687 (https://www.world
cat.org/issn/1476-4687). doi:10.1038/nature.2015.17452 (http://dx.doi.org/10.1038%2Fnature.2015.17452).
42. Cressey, Daniel; Abbott, Alison; Ledford, Heidi (2015). UK scientists apply for licence to edit genes in human embryos.
Nature. ISSN 1476-4687 (https://www.worldcat.org/issn/1476-4687). doi:10.1038/nature.2015.18394 (http://dx.doi.org/
10.1038%2Fnature.2015.18394).
43. Reardon, Sara (2015). Gene-editing summit supports some research in human embryos. Nature. ISSN 1476-4687 (http
s://www.worldcat.org/issn/1476-4687). doi:10.1038/nature.2015.18947 (http://dx.doi.org/10.1038%2Fnature.2015.1894
7).
Джерела
1. Rath, D., Amlinger, L., Rath, A., & Lundgren, M. (2015). The CRISPR-Cas immune system: Biology,
mechanisms and applications. Biochimie. DOI:10.1016/j.biochi.2015.03.025
2. Sampson, T. R. and Weiss, D. S. (2014), Exploiting CRISPR/Cas systems for biotechnology. Bioessays,
36: 34-38. DOI:10.1002/bies.201300135
3. Chu, V. T., Weber, T., Wefers, B., Wurst, W., Sander, S., Rajewsky, K., & Kühn, R. (2015). Increasing the
efficiency of homology-directed repair for CRISPR-Cas9-induced precise gene editing in mammalian
cells. Nature biotechnology. DOI:10.1038/nbt.3198
4. Cong, L., & Zhang, F. (2015). Genome Engineering Using CRISPR-Cas9 System. In Chromosomal
Mutagenesis. Methods in Molecular Biology Vol. 1239, 2015, pp 197—217. Springer New York.
5. Kennedy E.M., Cullen B.R. (2015). Bacterial CRISPR/Cas DNA endonucleases: A revolutionary
technology that could dramatically impact viral research and treatment. Virology, 479—480, 213—220
DOI:10.1016/j.virol.2015.02.024
6. Belhaj, K., Chaparro-Garcia, A., Kamoun, S., Patron, N. J., & Nekrasov, V. (2015). Editing plant
genomes with CRISPR/Cas9. Current opinion in biotechnology, 32, 76-84.
DOI:10.1016/j.copbio.2014.11.007
7. Who Owns the Biggest Biotech Discovery of the Century? There's a bitter fight over the patents for
CRISPR, a breakthrough new form of DNA editing.
8. Sander, J. D.; Joung, J. K. (2014). CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes.
Nature Biotechnology. DOI:10.1038/nbt.2842. PubMed.
9. Kevin Mayer (2014). CRISPR—Fast, Easy … and Increasingly Accurate Genetic Engineering &
Biotechnology News.
10. Terns, R. M.; Terns, M. P. (2014). CRISPR-based technologies: Prokaryotic defense weapons repurposed.
Trends in Genetics, 30 (3): 111. DOI:10.1016/j.tig.2014.01.003. PubMed.
11. Edze R. Westra, Angus Buckling & Peter C. Fineran (2014). CRISPR-Cas systems: beyond adaptive
immunity. Nature Reviews Microbiology. DOI:10.1038/nrmicro3241
12. Rodolphe Barrangou (2014). Cas9 Targeting and the CRISPR Revolution. SCIENCE 344 (6185). с. 707–
708. doi:10.1126/science.1252964.
13. Джагаров Д.Э. (2014). Умные ножницы для ДНК. «Химия и жизнь -XXI век» (7).
14. Джагаров Д.Э. (2014). Новый метод генной инженерии - CRISPR/Cas9. Academia.edu.
15. Джагаров Д.Э. (2015). Новые методы генной инженерии основанные на использовании системы
CRISPR/Cas9. scribd.com.
16. Гоглева А. А., Артамонова И. И. (2014). CRISPR-системы: структура и гипотетические функции.
Природа 6 (2014), 16-21;
17. Гоглева А. А., Артамонова И. И. (2014). CRISPR-системы: механизм действия и применения.
Природа 7 (2014), 3-9.
18. Артамонова И.(2014). CRISPR-системы: иммунизация прокариот «биомолекула.ру»
19. ELIZABETH PENNISI (2013). The CRISPR Craze. SCIENCE 341. с. 834–836.
20. Jeffry D Sander & J Keith Joung (2014). CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting
genomes.. Nature Biotechnology. doi:10.1038/nbt.2842.
21. VIDEO: GENESIS™ Precision Genome Editing with CRISPR and rAAV
22. Timothy R. Sampson and David S. Weiss (2014). CRISPR-Cas systems: new players in gene regulation
and bacterial physiology. Front Cell Infect Microbiol. 4. с. 37. doi:10.3389/fcimb.2014.00037.
23. Pourcel C, Salvignol G, Vergnaud G (2005). CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by
preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies.
Microbiology 151. с. 653. PMID 15758212. doi:10.1099/mic.0.27437-0.
24. Haft DH, Selengut J, Mongodin EF, Nelson KE (2005). A guild of 45 CRISPR-associated (Cas) protein
families and multiple CRISPR/Cas subtypes exist in prokaryotic genomes. PLoS Comput Biol. 1 (6).
с. e60. PMID 16292354. doi:10.1371/journal.pcbi.0010060.
25. Makarova KS, Grishin NV, Shabalina SA, Wolf YI, Koonin EV (2006). A putative RNA-interferencebased
immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery,
functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action. Biol Direct. 1. с. 7.
PMID 16545108. doi:10.1186/1745-6150-1-7.
26. Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, Richards M, Boyaval P, Moineau S, Romero DA, Horvath P.
(2007). CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes. Science 315 (5819). с. 1709.
PMID 17379808. doi:10.1126/science.1138140.
27. Sorek R, Kunin V, Hugenholtz P (2007). CRISPR - a widespread system that provides acquired
resistance against phages in bacteria and archaea. Nat Rev Microbiol 6. с. 181. PMID 18157154.
doi:10.1038/nrmicro1793.
28. Andersson AF, Banfield JF (2008). Virus population dynamics and acquired virus resistance in natural
microbial communities. Science 320. с. 1047. PMID 18497291. doi:10.1126/science.1157358.
29. Brouns SJJ, Jore MM, Lundgren M, Westra ER, Slijkhuis RJH, Snijders APL, Dickman MJ, Makarova
KS, Koonin EV, Van der Oost J (2008). Small CRISPR RNAs Guide Antiviral Defense in Prokaryotes.
Science 321. с. 960. PMID 18703739. doi:10.1126/science.1159689.
30. Heidi Ledford (2015). CRISPR, the disruptor. A powerful gene-editing technology is the biggest game
changer to hit biology since PCR. But with its huge potential come pressing concerns.. NATURE 522.
с. 20–24. doi:10.1038/522020a.
Посилання
CRISPRs web server — онлайн база по CRISPR // Institut de Génétique et Microbiologie, Université
Paris-Sud
Booklet, «CRISPR-Cas9: Engineering a Revolution in Gene Editing.»
CasFinder: Flexible algorithm for identifying specific Cas9 targets in genomes смотри также: Chari R,
Mali P, Moosburner M, Church GM (2015). Unraveling CRISPR-Cas9 genome engineering parameters
via a library-on-library approach. Nature Methods (in press).
Отримано з https://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=CRISPR&oldid=21003684